Gene Details:

Functional Descriptions:

  • In this study, we identified a new PLS-type protein, WAL3 (Whole Albino Leaf on Chromosome 3), playing important roles in plant chloroplast development.
  • WAL3 encoding a PLS-type PPR protein regulates chloroplast development in rice.
  • Knockout of WAL3 gene in Nipponbare variety caused abnormal chloroplast development and showed an albino lethal phenotype.
  • In summary, our study revealed that WAL3 is essential for chloroplast development in rice.
  • The decreased abundance of photosynthesis-related proteins in WAL3 mutants indicated WAL3 influence photosynthesis.
  • Transcriptome sequencing showed that WAL3 involved in multiple metabolic pathways including the chlorophyll synthesis and photosynthetic related metabolic pathways.

Literature:

Gene Resources:

  • NCBI ID:
  • UniProt accessions:

Sequences:

cDNA Sequence
  • >LOC_Os03g44210.2
    ATCTTTTGTCCCCTCGCCCGCAATCCACCCACCTCTCGAGCTCACAAAAATCGCTCGCCCCCCTCCACCTCCACCTCGCTCCCGCCGCCTCCACCACCCATCTCCGCCCTCGTCCGCTCGCCGGCAAGCCGCTGCTGCTGCAGCTGCTTGCTCGTCTCGTCTCCCCATCCCTGGGCGGGGCGCGGTGGGAGGGGGGCGGGGGACTCGCCACCGCTCTCCGTTCCGTGGGTGTCTCTGCACTCTGCTTTGCTCCTCTTCTTCCCCCCCTCTGGTTCCACCCCCGCGCGGCGGAGCGCGGGGGAAGGGATCCACAGATGCTGTTCTGCTGCCCTGCTTCTCCTCCCCCTCCAATCCAAGCTTCTTCTCTCCCGCCGTTCCGGACGAACAGCTTGTCTCCGACCGTACGTGGCGGGAATGCCGCGCCACGACGCCCTCTCGCGCGGTCTTTCTCGGCCAAGAACCGGTCCCCGCGAGCGCGGAACCGCCACGCGGCAGCAGGTGATGGTGGTGGTTATGGGTCTCCGGAGCAAGAGGGGCGTGGGGAATCGTCCCTCCCGAACGCCGAGGCGCTCGCGTCCTCGCTGCGTGATTGCGGCGGCGCGGACGGCGTCCGGCGGGTGCACGCGGTTGCTGTCCGGTCGCTCGACAGCCTGGGGACGTTCGTCGCCAACAATTTGATCAGCGCGTATGCCAGGTTCGACGAGGTTTCGGATGCCAGGGAGGTGTTCGACGAAATGCCGGAGAGGAGTGTTGTGTCGTGGACGGCGATGATGAATGTGTATCTGAAACTAGGACACTACGGCGAGGTTGTGAGGCTCTTCTTTGATATGGTGGGAAGCGGAGTGCAAGGTAACAGCTTGACTTTTGTTTGCTTGCTGAAATCATGCGGCGAGCGTTGCGATGCTAAGCTAGGGCAGCAGGTCCACTGTTGTATTGTCAAAGGTGGGTGGAGCAATGTGATAGTGGACAGTGCTATTGCACACTTCTATGCTCAATGCGGTGATGTTGCTAGTGCTTCAGCCATATTTGATAAGATGGCCTATCGTGATGTCATCTCATGGACAACAATGATCACAGCTTATGTGCAGCATGGGCATGGGGGCCAAGCTCTTAGAATGTTTTCAGAAATGGTGTCAGAAGGATTTCGACCAAATGAGTTCACTGTGTGCAGTGTCCTCAAGGCTTGTGCAGAAGAGAAAGCTGTGAGATTTGGGAAGCAGCTGCATTGTGCTGTTTTGAAGAAAATGTACAAAAATGACATCCATATCGGCAGTGCCCTTGTCACCATGTATGCTAGATGCGGTGAAGTTTTTGATGCTCAGGCAGTGTTTGATATGATGCCACGAAGAAACACTATTACATGGACTTCTATGATCTCTGGCTATGCACAAAGTGGCCATGGAGAAAAGGCTATCTTGTTGTTCAGAAAGATGAAGATGCGCCGAGTATTTGTTAACAACCTCACCATTGTTGGTCTCCTAAGTGCCTGTGGCTCCTTACAGTCGCCTTATCTTGGAAAGGAATTGCATGCTCAGATAATAAAGAATTCTATGGAAGAAAATCTTCAAATTGGGAGTACACTTGTTTGGTTCTACTGTAAATGTGGAGAGTACACATATGCTGCAAGAATTCTTGAAGCGATGCCTGACCGTGATGCTATCTCATGGACTGCTCTGATTTCCGGCTACAATAATCTAGGTCATAATGTTGAAGCACTTAAATCATTAGATGATATGCTATGGGATGGTGTAAAACCAAATACATACACTTACTCCTCGGCTCTGAAAGCTTGTGCAAAATTGGAGGCTCTGCAATATGGAAGGAAGATCCATGGTTTTGTTAACAAGACTCAAGATTTCTCCAATGTGTTTGTGGGAAGCTCACTTATCGATATGTACATGAGGTGTGGAAAAGTCGACGAAGCCCGAAGTGTCTTTGATGCCATGCCAGAACATAACCTTGTGACATGGAAAGTGATTATTACAGGATTTGCTCAGAATGGCCTCTGTGAAGAGGCTTTGAAGTACATGTACCTAATGCAACAAGAAGGGCATGAGGTTGATGATTTTGTGCTCTCAACAGTTCTGACATCATGTGGAGATCTTCAATGGAAATCCATCTCCTTCTCTGACTCAGTTGCTGGTTCAGTTTCAGCTAGGCAGTAGATTAGTTCTCCCGTGGCAAAGAAGCTAGCACTTCTGTACAGTTACAGAGATTTGTTATTGTGCAAGATCAGAAGACATGTAGCACAAAAAGTTTATTTTCAACAGGGATTTGAAGTGCTGTCCTAAATTTAACAAACTGAAGACTCTGGTACTTAATGATTGGTGTGTGGCTTCTGACCTCAATGCACTAATTTATTTTCTGCAACACTCACCAGTTCTGGAGAAGCTTACACTACAGCTTTCCAAGACATGAAAAGATTCATTGCAAACAACTGGAAATTACAAGTATCTTAAGAAGGTTCCATTTGACCTTAAGAAGGTTGAAAGCAAATGTGATGAAGTTGATGAAAGAGTTTGTGAAGTTCTCAAGATCTTGAGTGCTTATGTAACACCGCTCCAAATTGATATGAGAGATATATGTGAGTTAAATATTTAATACCACTCCTTTCAATTTATCAAAATATCTATAAATTGTAACCATGCAGTGAGGAAAATATTTGGCTAATTAGAGGGAAGCAATTGTTCAGGACAGGTAGAAACTCTCCCCATATTTCATGAACAGAAAGTGAAAGCAATTGTCAAGCATCATCATACATAAGC
  • >LOC_Os03g44210.1
    ATCTTTTGTCCCCTCGCCCGCAATCCACCCACCTCTCGAGCTCACAAAAATCGCTCGCCCCCCTCCACCTCCACCTCGCTCCCGCCGCCTCCACCACCCATCTCCGCCCTCGTCCGCTCGCCGGCAAGCCGCTGCTGCTGCAGCTGCTTGCTCGTCTCGTCTCCCCATCCCTGGGCGGGGCGCGGTGGGAGGGGGGCGGGGGACTCGCCACCGCTCTCCGTTCCGTGGGTGTCTCTGCACTCTGCTTTGCTCCTCTTCTTCCCCCCCTCTGGTTCCACCCCCGCGCGGCGGAGCGCGGGGGAAGGGATCCACAGATGCTGTTCTGCTGCCCTGCTTCTCCTCCCCCTCCAATCCAAGCTTCTTCTCTCCCGCCGTTCCGGACGAACAGCTTGTCTCCGACCGTACGTGGCGGGAATGCCGCGCCACGACGCCCTCTCGCGCGGTCTTTCTCGGCCAAGAACCGGTCCCCGCGAGCGCGGAACCGCCACGCGGCAGCAGGTGATGGTGGTGGTTATGGGTCTCCGGAGCAAGAGGGGCGTGGGGAATCGTCCCTCCCGAACGCCGAGGCGCTCGCGTCCTCGCTGCGTGATTGCGGCGGCGCGGACGGCGTCCGGCGGGTGCACGCGGTTGCTGTCCGGTCGCTCGACAGCCTGGGGACGTTCGTCGCCAACAATTTGATCAGCGCGTATGCCAGGTTCGACGAGGTTTCGGATGCCAGGGAGGTGTTCGACGAAATGCCGGAGAGGAGTGTTGTGTCGTGGACGGCGATGATGAATGTGTATCTGAAACTAGGACACTACGGCGAGGTTGTGAGGCTCTTCTTTGATATGGTGGGAAGCGGAGTGCAAGGTAACAGCTTGACTTTTGTTTGCTTGCTGAAATCATGCGGCGAGCGTTGCGATGCTAAGCTAGGGCAGCAGGTCCACTGTTGTATTGTCAAAGGTGGGTGGAGCAATGTGATAGTGGACAGTGCTATTGCACACTTCTATGCTCAATGCGGTGATGTTGCTAGTGCTTCAGCCATATTTGATAAGATGGCCTATCGTGATGTCATCTCATGGACAACAATGATCACAGCTTATGTGCAGCATGGGCATGGGGGCCAAGCTCTTAGAATGTTTTCAGAAATGGTGTCAGAAGGATTTCGACCAAATGAGTTCACTGTGTGCAGTGTCCTCAAGGCTTGTGCAGAAGAGAAAGCTGTGAGATTTGGGAAGCAGCTGCATTGTGCTGTTTTGAAGAAAATGTACAAAAATGACATCCATATCGGCAGTGCCCTTGTCACCATGTATGCTAGATGCGGTGAAGTTTTTGATGCTCAGGCAGTGTTTGATATGATGCCACGAAGAAACACTATTACATGGACTTCTATGATCTCTGGCTATGCACAAAGTGGCCATGGAGAAAAGGCTATCTTGTTGTTCAGAAAGATGAAGATGCGCCGAGTATTTGTTAACAACCTCACCATTGTTGGTCTCCTAAGTGCCTGTGGCTCCTTACAGTCGCCTTATCTTGGAAAGGAATTGCATGCTCAGATAATAAAGAATTCTATGGAAGAAAATCTTCAAATTGGGAGTACACTTGTTTGGTTCTACTGTAAATGTGGAGAGTACACATATGCTGCAAGAATTCTTGAAGCGATGCCTGACCGTGATGCTATCTCATGGACTGCTCTGATTTCCGGCTACAATAATCTAGGTCATAATGTTGAAGCACTTAAATCATTAGATGATATGCTATGGGATGGTGTAAAACCAAATACATACACTTACTCCTCGGCTCTGAAAGCTTGTGCAAAATTGGAGGCTCTGCAATATGGAAGGAAGATCCATGGTTTTGTTAACAAGACTCAAGATTTCTCCAATGTGTTTGTGGGAAGCTCACTTATCGATATGTACATGAGGTGTGGAAAAGTCGACGAAGCCCGAAGTGTCTTTGATGCCATGCCAGAACATAACCTTGTGACATGGAAAGTGATTATTACAGGATTTGCTCAGAATGGCCTCTGTGAAGAGGCTTTGAAGTACATGTACCTAATGCAACAAGAAGGGCATGAGGTTGATGATTTTGTGCTCTCAACAGTTCTGACATCATGTGGAGATCTTCAATGGAAATCCATCTCCTTCTCTGACTCAGTTGCTGGTTCAGTTTCAGCTAGGCAGTAGATTAGTTCTCCCGTGGCAAAGAAGCTAGCACTTCTGTACAGTTACAGAGATTTGTTATTGTGCAAGATCAGAAGACATGTAGCACAAAAAGTTTATTTTCAACAGGGATTTGAAGTGCTGTCCTAAATTTAACAAACTGAAGACTCTGGTACTTAATGATTGGTGTGTGGCTTCTGACCTCAATGCACTAATTTATTTTCTGCAACACTCACCAGTTCTGGAGAAGCTTACACTACAGCTTTCCAAGACATGAAAAGATTCATTGCAAACAACTGGAAATTACAAGTATCTTAAGAAGGTTCCATTTGACCTTAAGAAGGTTGAAAGCAAATGTGATGAAGTTGATGAAAGAGTTTGTGAAGTTCTCAAGATCTTGAGTGCTTATGTAACACCGCTCCAAATTGATATGAGAGATATATGTGAGTTAAATATTTAATACCACTCCTTTCAATTTATCAAAATATCTATAAATTGTAACCATGCAGTGAGGAAAATATTTGGCTAATTAGAGGGAAGCAATTGTTCAGGACAGGTAGAAACTCTCCCCATATTTCATGAACAGAAAGTGAAAGCAATTGTCAAGCATCATCATACATAAGC
CDS Sequence
  • >LOC_Os03g44210.2
    ATGCTGTTCTGCTGCCCTGCTTCTCCTCCCCCTCCAATCCAAGCTTCTTCTCTCCCGCCGTTCCGGACGAACAGCTTGTCTCCGACCGTACGTGGCGGGAATGCCGCGCCACGACGCCCTCTCGCGCGGTCTTTCTCGGCCAAGAACCGGTCCCCGCGAGCGCGGAACCGCCACGCGGCAGCAGGTGATGGTGGTGGTTATGGGTCTCCGGAGCAAGAGGGGCGTGGGGAATCGTCCCTCCCGAACGCCGAGGCGCTCGCGTCCTCGCTGCGTGATTGCGGCGGCGCGGACGGCGTCCGGCGGGTGCACGCGGTTGCTGTCCGGTCGCTCGACAGCCTGGGGACGTTCGTCGCCAACAATTTGATCAGCGCGTATGCCAGGTTCGACGAGGTTTCGGATGCCAGGGAGGTGTTCGACGAAATGCCGGAGAGGAGTGTTGTGTCGTGGACGGCGATGATGAATGTGTATCTGAAACTAGGACACTACGGCGAGGTTGTGAGGCTCTTCTTTGATATGGTGGGAAGCGGAGTGCAAGGTAACAGCTTGACTTTTGTTTGCTTGCTGAAATCATGCGGCGAGCGTTGCGATGCTAAGCTAGGGCAGCAGGTCCACTGTTGTATTGTCAAAGGTGGGTGGAGCAATGTGATAGTGGACAGTGCTATTGCACACTTCTATGCTCAATGCGGTGATGTTGCTAGTGCTTCAGCCATATTTGATAAGATGGCCTATCGTGATGTCATCTCATGGACAACAATGATCACAGCTTATGTGCAGCATGGGCATGGGGGCCAAGCTCTTAGAATGTTTTCAGAAATGGTGTCAGAAGGATTTCGACCAAATGAGTTCACTGTGTGCAGTGTCCTCAAGGCTTGTGCAGAAGAGAAAGCTGTGAGATTTGGGAAGCAGCTGCATTGTGCTGTTTTGAAGAAAATGTACAAAAATGACATCCATATCGGCAGTGCCCTTGTCACCATGTATGCTAGATGCGGTGAAGTTTTTGATGCTCAGGCAGTGTTTGATATGATGCCACGAAGAAACACTATTACATGGACTTCTATGATCTCTGGCTATGCACAAAGTGGCCATGGAGAAAAGGCTATCTTGTTGTTCAGAAAGATGAAGATGCGCCGAGTATTTGTTAACAACCTCACCATTGTTGGTCTCCTAAGTGCCTGTGGCTCCTTACAGTCGCCTTATCTTGGAAAGGAATTGCATGCTCAGATAATAAAGAATTCTATGGAAGAAAATCTTCAAATTGGGAGTACACTTGTTTGGTTCTACTGTAAATGTGGAGAGTACACATATGCTGCAAGAATTCTTGAAGCGATGCCTGACCGTGATGCTATCTCATGGACTGCTCTGATTTCCGGCTACAATAATCTAGGTCATAATGTTGAAGCACTTAAATCATTAGATGATATGCTATGGGATGGTGTAAAACCAAATACATACACTTACTCCTCGGCTCTGAAAGCTTGTGCAAAATTGGAGGCTCTGCAATATGGAAGGAAGATCCATGGTTTTGTTAACAAGACTCAAGATTTCTCCAATGTGTTTGTGGGAAGCTCACTTATCGATATGTACATGAGGTGTGGAAAAGTCGACGAAGCCCGAAGTGTCTTTGATGCCATGCCAGAACATAACCTTGTGACATGGAAAGTGATTATTACAGGATTTGCTCAGAATGGCCTCTGTGAAGAGGCTTTGAAGTACATGTACCTAATGCAACAAGAAGGGCATGAGGTTGATGATTTTGTGCTCTCAACAGTTCTGACATCATGTGGAGATCTTCAATGGAAATCCATCTCCTTCTCTGACTCAGTTGCTGGTTCAGTTTCAGCTAGGCAGTAG
  • >LOC_Os03g44210.1
    ATGCTGTTCTGCTGCCCTGCTTCTCCTCCCCCTCCAATCCAAGCTTCTTCTCTCCCGCCGTTCCGGACGAACAGCTTGTCTCCGACCGTACGTGGCGGGAATGCCGCGCCACGACGCCCTCTCGCGCGGTCTTTCTCGGCCAAGAACCGGTCCCCGCGAGCGCGGAACCGCCACGCGGCAGCAGGTGATGGTGGTGGTTATGGGTCTCCGGAGCAAGAGGGGCGTGGGGAATCGTCCCTCCCGAACGCCGAGGCGCTCGCGTCCTCGCTGCGTGATTGCGGCGGCGCGGACGGCGTCCGGCGGGTGCACGCGGTTGCTGTCCGGTCGCTCGACAGCCTGGGGACGTTCGTCGCCAACAATTTGATCAGCGCGTATGCCAGGTTCGACGAGGTTTCGGATGCCAGGGAGGTGTTCGACGAAATGCCGGAGAGGAGTGTTGTGTCGTGGACGGCGATGATGAATGTGTATCTGAAACTAGGACACTACGGCGAGGTTGTGAGGCTCTTCTTTGATATGGTGGGAAGCGGAGTGCAAGGTAACAGCTTGACTTTTGTTTGCTTGCTGAAATCATGCGGCGAGCGTTGCGATGCTAAGCTAGGGCAGCAGGTCCACTGTTGTATTGTCAAAGGTGGGTGGAGCAATGTGATAGTGGACAGTGCTATTGCACACTTCTATGCTCAATGCGGTGATGTTGCTAGTGCTTCAGCCATATTTGATAAGATGGCCTATCGTGATGTCATCTCATGGACAACAATGATCACAGCTTATGTGCAGCATGGGCATGGGGGCCAAGCTCTTAGAATGTTTTCAGAAATGGTGTCAGAAGGATTTCGACCAAATGAGTTCACTGTGTGCAGTGTCCTCAAGGCTTGTGCAGAAGAGAAAGCTGTGAGATTTGGGAAGCAGCTGCATTGTGCTGTTTTGAAGAAAATGTACAAAAATGACATCCATATCGGCAGTGCCCTTGTCACCATGTATGCTAGATGCGGTGAAGTTTTTGATGCTCAGGCAGTGTTTGATATGATGCCACGAAGAAACACTATTACATGGACTTCTATGATCTCTGGCTATGCACAAAGTGGCCATGGAGAAAAGGCTATCTTGTTGTTCAGAAAGATGAAGATGCGCCGAGTATTTGTTAACAACCTCACCATTGTTGGTCTCCTAAGTGCCTGTGGCTCCTTACAGTCGCCTTATCTTGGAAAGGAATTGCATGCTCAGATAATAAAGAATTCTATGGAAGAAAATCTTCAAATTGGGAGTACACTTGTTTGGTTCTACTGTAAATGTGGAGAGTACACATATGCTGCAAGAATTCTTGAAGCGATGCCTGACCGTGATGCTATCTCATGGACTGCTCTGATTTCCGGCTACAATAATCTAGGTCATAATGTTGAAGCACTTAAATCATTAGATGATATGCTATGGGATGGTGTAAAACCAAATACATACACTTACTCCTCGGCTCTGAAAGCTTGTGCAAAATTGGAGGCTCTGCAATATGGAAGGAAGATCCATGGTTTTGTTAACAAGACTCAAGATTTCTCCAATGTGTTTGTGGGAAGCTCACTTATCGATATGTACATGAGGTGTGGAAAAGTCGACGAAGCCCGAAGTGTCTTTGATGCCATGCCAGAACATAACCTTGTGACATGGAAAGTGATTATTACAGGATTTGCTCAGAATGGCCTCTGTGAAGAGGCTTTGAAGTACATGTACCTAATGCAACAAGAAGGGCATGAGGTTGATGATTTTGTGCTCTCAACAGTTCTGACATCATGTGGAGATCTTCAATGGAAATCCATCTCCTTCTCTGACTCAGTTGCTGGTTCAGTTTCAGCTAGGCAGTAG
Protein Sequence
  • >LOC_Os03g44210.2
    MLFCCPASPPPPIQASSLPPFRTNSLSPTVRGGNAAPRRPLARSFSAKNRSPRARNRHAAAGDGGGYGSPEQEGRGESSLPNAEALASSLRDCGGADGVRRVHAVAVRSLDSLGTFVANNLISAYARFDEVSDAREVFDEMPERSVVSWTAMMNVYLKLGHYGEVVRLFFDMVGSGVQGNSLTFVCLLKSCGERCDAKLGQQVHCCIVKGGWSNVIVDSAIAHFYAQCGDVASASAIFDKMAYRDVISWTTMITAYVQHGHGGQALRMFSEMVSEGFRPNEFTVCSVLKACAEEKAVRFGKQLHCAVLKKMYKNDIHIGSALVTMYARCGEVFDAQAVFDMMPRRNTITWTSMISGYAQSGHGEKAILLFRKMKMRRVFVNNLTIVGLLSACGSLQSPYLGKELHAQIIKNSMEENLQIGSTLVWFYCKCGEYTYAARILEAMPDRDAISWTALISGYNNLGHNVEALKSLDDMLWDGVKPNTYTYSSALKACAKLEALQYGRKIHGFVNKTQDFSNVFVGSSLIDMYMRCGKVDEARSVFDAMPEHNLVTWKVIITGFAQNGLCEEALKYMYLMQQEGHEVDDFVLSTVLTSCGDLQWKSISFSDSVAGSVSARQ*
  • >LOC_Os03g44210.1
    MLFCCPASPPPPIQASSLPPFRTNSLSPTVRGGNAAPRRPLARSFSAKNRSPRARNRHAAAGDGGGYGSPEQEGRGESSLPNAEALASSLRDCGGADGVRRVHAVAVRSLDSLGTFVANNLISAYARFDEVSDAREVFDEMPERSVVSWTAMMNVYLKLGHYGEVVRLFFDMVGSGVQGNSLTFVCLLKSCGERCDAKLGQQVHCCIVKGGWSNVIVDSAIAHFYAQCGDVASASAIFDKMAYRDVISWTTMITAYVQHGHGGQALRMFSEMVSEGFRPNEFTVCSVLKACAEEKAVRFGKQLHCAVLKKMYKNDIHIGSALVTMYARCGEVFDAQAVFDMMPRRNTITWTSMISGYAQSGHGEKAILLFRKMKMRRVFVNNLTIVGLLSACGSLQSPYLGKELHAQIIKNSMEENLQIGSTLVWFYCKCGEYTYAARILEAMPDRDAISWTALISGYNNLGHNVEALKSLDDMLWDGVKPNTYTYSSALKACAKLEALQYGRKIHGFVNKTQDFSNVFVGSSLIDMYMRCGKVDEARSVFDAMPEHNLVTWKVIITGFAQNGLCEEALKYMYLMQQEGHEVDDFVLSTVLTSCGDLQWKSISFSDSVAGSVSARQ*