Information report for AT2G25850
Gene Details
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Functional Descriptions
- PO:0009006 — shoot system — sistema de epiblasto (epiblastema) (Spanish, exact), シュート系、苗条系 (Japanese, exact), Poaceae crown (related), shoot (related), thalli (related), thallus (related), tree crown (narrow)
- PO:0009009 — plant embryo — embrión (Spanish, exact), 植物胚 (Japanese, exact), germ (related), embryo (broad)
- PO:0009029 — stamen — estambre (Spanish, exact), 雄蕊 (Japanese, exact), Poaceae stamen (narrow), Zea stamen (narrow)
- PO:0009052 — inflorescence flower pedicel — 小花柄 (Japanese, related), pedicelo (Spanish, broad)
- PO:0020030 — cotyledon — cotiledón (Spanish, exact), seed leaf (exact), 子葉 (Japanese, exact)
- PO:0020038 — petiole — pecíolo (Spanish, exact), 葉柄 (Japanese, exact)
- PO:0020100 — hypocotyl — hipocótile (Spanish, exact), 胚軸 (Japanese, exact)
- PO:0020137 — leaf apex — ápice de la hoja (Spanish, exact), 葉先 (Japanese, exact), leaf lamina apex (narrow), phyllid apex (narrow)
- PO:0025022 — collective leaf structure — estructura colectiva de hoja (Spanish, exact), leaf series (exact), 葉が集まった構造 (Japanese, exact), leaf whorl (narrow), rosette (narrow), cycle (broad), verticil (broad)
- PO:0025281 — pollen — polen (Spanish, exact), pollen grain (exact), 花粉 (Japanese, exact)
- PO:0025195 — pollen tube cell — célula del tubo polínico (Spanish, exact), 花粉管細胞 (Japanese, exact)
- GO:0005634 — located in — nucleus
Functional Keywords
Literature and News
- Novel alternative splicing of mRNAs encoding poly(A) polymerases in Arabidopsis. DOI: 10.1016/j.bbaexp.2004.06.001 ; PMID: 15297145
- Arabidopsis mRNA polyadenylation machinery: comprehensive analysis of protein-protein interactions and gene expression profiling. DOI: 10.1186/1471-2164-9-220 ; PMID: 18479511
- Global analysis of Arabidopsis gene expression uncovers a complex array of changes impacting pathogen response and cell cycle during geminivirus infection. DOI: 10.1104/pp.108.121038 ; PMID: 18650403
- Transcriptome analyses show changes in gene expression to accompany pollen germination and tube growth in Arabidopsis. DOI: 10.1104/pp.108.126375 ; PMID: 18775970
- Characterization of genes encoding poly(A) polymerases in plants: evidence for duplication and functional specialization. DOI: 10.1371/journal.pone.0008082 ; PMID: 19956626
- Target specificity among canonical nuclear poly(A) polymerases in plants modulates organ growth and pathogen response. DOI: 10.1073/pnas.1303967110 ; PMID: 23918356
- Genome-Wide Analysis of PAPS1-Dependent Polyadenylation Identifies Novel Roles for Functionally Specialized Poly(A) Polymerases in Arabidopsis thaliana. DOI: 10.1371/journal.pgen.1005474 ; PMID: 26305463
- Antagonistic control of flowering time by functionally specialized poly(A) polymerases in Arabidopsis thaliana. DOI: 10.1111/tpj.13280 ; PMID: 27447095
- The poly(A) polymerase PAPS1 interacts with the RNA-directed DNA-methylation pathway in sporophyte and pollen development. DOI: 10.1111/tpj.14348 ; PMID: 31009115
Gene Resources
- UniProt: A0A384L4S8
- EMBL: LUHQ01000002
- AlphaFoldDB: A0A384L4S8
- EnsemblPlants: AT2G25850.5, AT2G25850.6, AT2G25850.7
- Gramene: AT2G25850.5, AT2G25850.6, AT2G25850.7
- ExpressionAtlas: AT2G25850
- InterPro: IPR007010, IPR007012, IPR011068
- PANTHER: PTHR10682, PTHR10682:SF31
- SUPFAM: SSF55003, SSF81301, SSF81631
- Gene3D: 1.10.1410.10, 3.30.460.10, 3.30.70.590
- SWISS-MODEL: A0A384L4S8
- Conserved Domain Database: cd05402
Homologs
- Brassica napus BnaC04G0469100ZS, BnaA01G0050100ZS, BnaC01G0058800ZS, BnaA04G0171600ZS
- Brassica oleracea Bo4g158830, Bo1g009880
- Brassica rapa Bra034276
- Gossypium hirsutum Gohir.D07G024800, Gohir.A07G022233
- Populus trichocarpa POPTR_006G235400v3, POPTR_018G057200v3
Sequences
cDNA Sequence
- >AT2G25850.1
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ATTTAACCAATAAAAACTATTGTCCTTTGCTTCTCCTTCTCTCCCTTCTTTGAACAAGTCAAAATTGATTTTAATCCGTATGATATTTTCCGCTTTCTTTGACTTCCCTTTGAAAATTCCAGTCGAGAGCTTTCCCTATCCATCGATTTAGGGTTTCCGATTTCGTTTTCGAGCTTTTCTCGCTCTTCTCTCACTTTTTCTTTCCTCCTTTGGCTCTTTTCTCCTTCTTCAATCTCTCTCCCATGACTCTAAAGTCTCCAATTCCTGTTAGATTCCGAATTATCATGATCTGGGTGCTTAATCAGATCGAGATATCTATATTTTGTGCTTGAATCGCCTAGGATTTTCTAGTGTTTACGCGTCTTGTCATGGTGAGTACTCAACAACGCACGGACGATGACTCTTCTCAACCGGTAAAAGCTTCTCTTAAGAGCTATGGGATCACGGAGCCACTGTCTATTGCTGGACCTTCTGCTGCTGATGTTAAGCGTAATTTGGAACTAGAGAAGTTTCTGGTTGATGAGGGGCTCTACGAGAGCAAGGAAGAAACTATGCGGAGAGAGGAAGTTGTGGTTCGCATTGATCAGATTGTAAAACACTGGGTGAAACAGTTAACTCGTCAGAGGGGCTATACTGATCAGATGGTGGAGGATGCAAATGCTGTCATTTTCACTTTTGGATCTTACCGCCTTGGAGTTCACGGACCTATGGCTGATATTGATACTTTGTGTGTTGGCCCATCTTATGTTAACCGAGAGGAGGATTTCTTCATTTTCTTCCGTGATATATTGGCTGAAATGGAAGAAGTGACTGAACTTCAACCTGTTACTGATGCCCATGTCCCAGTCATGAAATTTAAGTTCCAAGGAATATCAATTGATCTTCTGTATGCTAGCATATCGCTTCTAGTTATCCCACAGGATCTGGATATCTCCAACTCTTCTGTGCTGTGTGACGTGGATGAACAAACTGTCCGCAGTCTTAATGGTTGTAGGGTTGCTGATCAGATTCTTAAACTTGTTCCAAATTCCGAGCACTTCCGGACAACATTAAGATGCCTGAAGTACTGGGCTAAGAAGCGTGGGGTCTATTCAAATGTTACTGGATTTCTTGGTGGTGTAAACTGGGCACTTCTGGTTGCACGCCTTTGCCAGTTTTATCCAAATGCTATTCCTAGTATGTTGGTTTCTCGATTTTTTAGAGTATATACACAATGGCGCTGGCCGAATCCAGTCATGCTTTGTGCAATAGAAGAAGATGACCTTAGCTTTCCTGTTTGGGACCCACGAAAAAATCATCGTGACCGCTATCATCTTATGCCAATAATAACTCCTGCATACCCATGCATGAATTCTAGTTACAATGTCTCTCAAAGCACTCTTCGTGTTATGACAGAGCAATTCCAGTTTGGCAACACGATCTGTCAGGAGATTGAGTTAAATAAACAACACTGGAGTTCCTTATTTCAGCAATATATGTTCTTCGAGGCATATAAAAACTACCTTCAGGTTGATGTACTAGCTGCAGATGCCGAAGATTTATTGGCATGGAAAGGTTGGGTGGAGTCACGGTTCAGGCAACTGACCTTGAAGATAGAACGAGACACAAATGGGATGTTAATGTGCCACCCTCAACCAAACGAGTATGTAGACACTTCGAAGCAGTTTCGACATTGTGCCTTTTTCATGGGCTTGCAGAGGGCAGATGGATTTGGTGGCCAAGAATGTCAACAGTTTGATATACGTGGAACAGTGGACGAATTCAGGCAAGAGGTAAACATGTATATGTTTTGGAGACCTGGGATGGATGTGCATGTTTCTCATGTTCGAAGACGGCAGCTTCCATCTTTTGTTTTTCCAAATGGATATAAAAGGTCTCGGCAATCAAGGCACCAGAGTCAACAATGCAGAGAACCTGGTGATGAGGGCGTTGGTTCTTTATCCGACTCTGTTGAGAGATATGCGAAGAGAAAGAACGATGATGAAATTATGAATTCCAGGCCAGAGAAACGTGAGAAGCGCGCATCTTGTAGTCTACATACTCTGGATGCAGCTTCTCCTGACAGCAGTGGTATCACTACTAGTGGGACTCCTCAGATTGGCATTGTTCCAGGTCCTAGAGCTGAATGCTTAGTAACTGGTGATCTTGTTTGCAATGTTACAAGTCTTCCTAACGTGGAAGTTGAGGCTGAAAAGTTTATCAGTAAAATCACGGAACTAAGAAAATTCTCTCAGTACGAGCATACCTCTGGTAGCGAGCAAATCCTGGAAGTAGATAGTAGGGCTCTAGTTCAAAGTTATCATGACCTGGCTGAGCCTGTAGCAAAACATGTGAGACCTGACCTTAGTGCTTTGCTAGCGTGTGAAGGTGGGCAGAATAAAGAAATAGGTCATGATATGGGCTCTGAATCTATTAATGACACTGACACGCAACATCTTCCAAGGCGACTAAATGTAAATGAAGATGTTGATGAAGTTGAGAGGGAAGCCAAGTTGGGAGAAATTGCTGGTGGTGTTTTGTGGAATGGACACTGTGGGCGGAACCTTGACCATGAGGGTTTTGTGACTCCTGCAAATTTGGATTCAGCTGTGGAAAATAGAAACTTGCATTCAGACGGATTGTTCAAAAGTGGCTTGCCAGAAGAACTTCAGTCAAATTCTTTGCTCAGCGGGACGGGGAAGCTGGACGATGGAGCTAGCAGCAGGAGGTTGAGCTTGAAGTCCGTAGCGTGAGCGAGGTCTCCGCAATTGAAATGAGAACAGGAAGTCAAGAAAAAGGAAAATAAAAAATAAATAACAAGAATCAGAGCAACCCTAGTGTGTTTGCTTTGGACGACCGACAGCTTCAGAACTCGAAACTATTGGTAAGTTCACCTAAATATGAAAACTAAAAGCTTAAAAAGGAAAAAAAAAAAGTTCTAAAAGAGAAAAGAAAAAAAAAAGATTAACAAACATTCAAATGATTTACTTGTTGGATTCTTGGTGGGATTGTGAGTATCCAAACTCTGGGAAGAATGAGGCATGAATAACGAGTTTGGGACACAAAAGACATGCATTGTTCGATATTATGGTCCAGGTGAAATGTGGAGCTGTGCTAGTTCAATGCTTTTGCTGAGAGAGATACAAAATTAAAAAGAAAGAAACCAGTGAGATCACCATAGAACAAGGCAAGTGTAATGTATTTGTCTGCCTATTCAGGTTATTTCAGACTTGTTTTTGTATATTATATGCTTTGAGATTTGGGAACTTTCAATATTATACCATTCTGTGCATAGAATTCTCTCCTGCTTTCTGATTGCTGCTCATTGTTCATTAAGAGGTTTATGAAAAAAGTTGAGAGAAATAGAGTTCTTTTCTCAACCCTAAGTTGTATCTGAAACTGTGACTATGATAATTGAACAGATCACACAAGTGATGAACGAATTCTTACTTGTGT - >AT2G25850.3
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